Podobnie jak klasyczne anime telewizyjne o tej samej nazwie (1998-1999) i film anime z 2001 roku „Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door”, na którym jest oparty, „Cowboy Bebop” Netflixa to kipiący stylem internetowy serial science-fiction w stylu neo-noir. broić i działać. Historia koncentruje się głównie wokół raczkującej załogi statku kosmicznego Bebop: łowców nagród lub Cowboys Spike Spiegel (John Cho), jego partnera Jet Black (Mustafa Shakir), oszusta Faye Valentine (Daniella Pineda) i genetycznie zmodyfikowanego Pembroke Welsh Corgi Ein, gdy ścigają najgorszych przestępców w Układzie Słonecznym. Tymczasem Vicious (Alex Hassell) i Julia (Elena Satine), dwie osoby z tajemniczej przeszłości Spike'a, dowiadują się, że wciąż żyje. Oto wszystko, co musisz wiedzieć o zakończeniu 1. sezonu „Cowboy Bebop”.
Akcja gry toczy się w 2171 roku. Ludzkość rozprzestrzeniła się w całym Układzie Słonecznym, zakładając kolonie na różnych planetach ziemskich, naturalnych satelitach i asteroidach. Jednak z powodu katastrofy związanej z bramą nadprzestrzenną Ziemia została opustoszała. Organem ścigania odpowiedzialnym za utrzymanie pokoju w całym systemie jest Inter Solar System Police (ISSP). Nie mogąc poradzić sobie z gwałtownie rosnącymi wskaźnikami przestępczości, ISSP ustanawia zalegalizowany system kontraktów, dzięki któremu zarejestrowani kowboje mogą ścigać niektórych przestępców i otrzymywać zapłatę, jeśli przywrócą swoje cele żywe.

Prawdopodobnie najpotężniejszą organizacją przestępczą w Układzie Słonecznym jest Syndykat. Kilka lat temu Spike był jednym z wschodzących członków wraz ze swoim najlepszym przyjacielem Viciousem. Oboje zakochali się w Julii, co nieuchronnie doprowadziło do konfliktu. Spike, znany wówczas jako Nieustraszony, został zmuszony do sfingowania swojej śmierci i rozpoczęcia nowego życia pod nową tożsamością. Podczas pościgu za uciekinierem z Syndykatu Asimovem i jego dziewczyną Katherine, Spike i Jet spotykają Faye, kobietę, która cierpi na amnezję od czasu przebudzenia się z kriogenicznego snu.
W trakcie sezonu Vicious zabija wszystkich swoich konkurentów i przełożonych, w tym swojego ojca Kalibana, aby stać się niekwestionowanym liderem Syndykatu. Dowiedziawszy się, że Spike wciąż żyje, próbuje go zabić kilka razy, bez większego powodzenia. W finale pierwszego sezonu, zatytułowanym „Supernova Symphony”, Vicious konfrontuje swoją żonę Julię o spisek z jednym z jego konkurentów, aby go zabić. Porywa córkę Jeta, Kimmie, aby zmusić Spike'a do poddania się. Jet czuje się zdradzony po poznaniu prawdy o przeszłości swojego partnera, ale zdaje sobie sprawę, że muszą współpracować, aby zapewnić Kimmie bezpieczeństwo. Tymczasem Faye odkrywa wskazówki, które mogą doprowadzić ją do jej biologicznej rodziny.
Po tym, jak Spike, Jet i Faye ratują Kimmie ze szponów Syndykatu, Spike postanawia na stałe zakończyć spór z Viciousem. Walczą w katedrze — Spike ze swoją bronią i Vicious ze swoją kataną. Kiedy wydaje się, że Vicious ma przewagę, Julia przybywa i strzela do niego. Jednakże, jeśli Spike myślał, że będzie to emocjonalne spotkanie ich dwojga, poważnie się pomylił. Julia oskarża go, że ją porzucił i zostawił z agresywnym mężczyzną, takim jak Vicious.
Życie Julii z Viciousem całkowicie ją zmieniło. Naiwny romantyk, którego znał Spike, już dawno odszedł. Na jej miejscu stoi zahartowany pragmatyk, który odmawia powrotu do życia w ciągłym strachu przed innymi. Kiedy Spike mówi jej, że powinni porzucić świat przestępczości, z pogardą odrzuca ten pomysł. Gdy Starsi są już martwi, a Vicious wkrótce umiera, mówi Spike'owi, że tron Syndykatu jest teraz ich własnością.

Jednak Spike nigdy do tego nie dążył. Szukał spokoju i zwykłego życia, najlepiej u Julii. Więc on również ją odrzuca. Julia twierdzi, że ich związek był snem, powtarzając to, co Spike powiedział wcześniej w sezonie, zanim go zastrzelił. Oszołomiony Spike spada do tyłu, rozbijając okno katedry i spadając kilka pięter niżej.
Spike i Julia nie kończą razem pod koniec pierwszego sezonu. Jednak Spike też nie umiera, jakoś przeżywając upadek. Wraca do Bebopu. Do tego czasu Faye wyjechała już na poszukiwania swojej biologicznej matki. Wciąż starając się pogodzić ze zdradą Spike'a, Jet mówi mu, że następnym razem, gdy go zobaczy, zabije go, zanim odejdzie z Bebopem. Pod koniec pierwszego sezonu Spike może nie być martwy, ale praktycznie stracił wszystko.
Nie, Vicious nie jest martwy. W jednej z ostatnich scen sezonu budzi się i czuje, że jest powściągliwy. Julia tam jest. Przepełniony bezużyteczną złością krzyczy, że ją zabije. Jednak Julia przypomina mu, że jest teraz starszym i nikt nie powinien go widzieć. Więc jego ludzie nigdy się nie dowiedzą, co się z nim stało. W międzyczasie będzie kontrolować Syndykat, udając, że przemawia w jego imieniu.

Julia następnie wkłada kulę do swojego rewolweru, obraca cylinder i naciska spust na Viciousa. Na szczęście dla niego to pusta komora. Ale obiecuje mu, że wróci następnego dnia i spróbuje ponownie. Wydaje się, że to dopiero początek zemsty Julii na jej agresywnym mężu. Odebrała mu jego przestępcze imperium i zostawiła go uwięzionego w piwnicy. Teraz musi budzić się każdego dnia, wiedząc, że może to być jego ostatni.
W końcowej scenie pierwszego sezonu Netflix „Cowboy Bebop” Spike wychodzi z baru, przygnębiony i pijany, i pada płasko na twarz. Nagle pojawia się rudowłosa dziewczyna, twierdząc, że ma dla niego pracę w poszukiwaniu nagród. To jest Ed lub Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, znany również jako Radykalny Ed. W anime jest członkiem załogi Bebop. Niezwykły haker, Ed jest nieco androgenny i ma dziwaczną osobowość.

Serial na żywo nawiązuje do niej w odcinku 6, zatytułowanym „Binary Two-Step”. Jet mówi Spike'owi, że Ed poinformował go o ponownym pojawieniu się starej nagrody. Znany jako Cy-Baba, przestępca najwyraźniej spowodował śmierć 3000 osób, a teraz występuje pod pseudonimem Dr. Londes. Spike podchodzi do tego sceptycznie, ale nadal chce uchwycić fantomową nagrodę. Później okazuje się, że Spike miał rację. Cy-Baba lub Dr. Londes to w rzeczywistości psychotyczna sztuczna inteligencja, która wychwytuje świadomość swoich ofiar poprzez uwięzienie ich w pętli VR.