Wykorzystując pierwszy sezon jako podstawę, drugi sezon „Hanny” głębiej zagłębia się w mroczne sekrety Utraxu. Wraz z tym ujawnia również, co robi złowroga organizacja, aby manipulować wszystkimi nastoletnimi więźniami i zamieniać ich w śmiertelną broń. Sezon 2 obfituje w kilka rewelacji i trochę zapowiada następny potencjalny rozdział. Jest więc rzeczą oczywistą — podzielmy wszystkie punkty fabuły i zakończenie serii poniżej. (Przed nami spoilery)
Po ucieczce z placówki Utraxa Clara towarzyszy Hanie. Podczas gdy przetrwają w lasach, urzędnicy z Utrax próbują ich wyśledzić. W międzyczasie, jak ujawniono w pierwszym sezonie, pozostałe dziewczyny zostają przeniesione do zupełnie nowego obiektu o nazwie The Meadows. Clara później wpada w jedną z pułapek Utraxa i ponownie trafia z resztą dziewczyn. Tymczasem Marissa bierze Hannę pod swoje skrzydła i próbując zrekompensować jej wcześniejsze wykroczenia, uniemożliwia jej uratowanie Clary. Mimo to Hannie udaje się przekonać Marissę, by pomogła jej uratować Clarę. W rezultacie docierają na Łąki, aby wykonać tę misję ratunkową.
Jednak nic nie idzie zgodnie z planem. Utrax chwyta Marissę, podczas gdy Hanna staje się częścią fałszywej organizacji społecznej Utraxa w The Meadows. Chociaż początkowo się opiera, ostatecznie akceptuje Łąki jako swój nowy dom wraz z Clarą i innymi. Wkrótce Hanna i Jules łączą siły i zostają wysłani na swoją pierwszą prawdziwą misję zabójstwa. Hanna musi teraz dokonać wyboru — czy odejdzie dalej od ścieżki Erika, czy potajemnie spiskuje przeciwko Utraxowi?
W The Meadows wszystkie dziewczyny pod kontrolą Utraxa zostają nagle uwolnione. W przeciwieństwie do ich poprzedniej placówki medycznej, nowa lokalizacja zapewnia im kolorowe pokoje w akademikach, fikcyjne rodziny, dostęp do mediów społecznościowych i możliwość spotkań towarzyskich z innymi. Jednak, bez wiedzy dziewcząt, wszystko to jest tylko symulowaną konfiguracją społeczną, aby pomóc im dowiedzieć się więcej o utrzymaniu się w prawdziwym świecie. Jak zapowiedziano w samym poprzednim sezonie, Utrax zawsze miał zamiar wysłać te dziewczyny do prawdziwego świata. W ten sposób celowo pozwala im zachowywać się jak normalne nastolatki, ponieważ to z kolei pomoże im przebrać się za zwykłych ludzi w prawdziwym świecie.
W przypadku większości dziewcząt Utrax przejmuje nad nimi kontrolę, zastępując ich wcześniej istniejące idee dotyczące rodziny, religii i przyjaciół. Ale dla Hanny i Clary organizacja ma trudności z ustanowieniem jakiejkolwiek kontroli, ponieważ są już świadome, że straciły rodziny. Dlatego dla nich organizacja stara się wypełnić lukę, która pragnie rodziny, zamiast ją zastępować. I tak, nawet wiedząc, że jej ojciec nie żyje, Hanna znajduje trochę pocieszenia w The Meadows.
Hanna i Jules otrzymują swoją pierwszą misję w prawdziwym życiu, w której oczekują, że Hanna wykorzysta swoje doświadczenie w świecie zewnętrznym. Jeśli chodzi o Jules, Leo potajemnie każe jej mieć na oku Hannę. Zgodnie z ich misją muszą ustalić prawdziwą tożsamość demaskatora imieniem Tacitus i ustalić miejsce, w którym planuje spotkać się z londyńską dziennikarką, Nicolą Gough. W oświadczeniu wspomniano również, że mogą uzyskać dostęp do Nicoli tylko za pośrednictwem jej żony Bethany James, która jest profesorem na London South Bank University.
Po przejściu przez Bethany Hanna w końcu nawiązuje kontakt z Nicolą. Robi zdjęcia fragmentom notatnika Nicoli i wysyła je na Łąki. Po ich rozszyfrowaniu Terri wnioskuje, że Tacitus jest mieszkającym w Barcelonie prawnikiem wojskowym o nazwisku Robert Gelder. Chociaż serial nie spieszy się, by ujawnić, dlaczego John Carmichael chce wyeliminować Roberta Geldera (znanego również jako Tacitus), staje się jasne, że Robert ma tajemnicę motywów Johna stojących za Utraxem. Robert zamierza ujawnić te sekrety Nicoli, aby ostatecznie mogła ujawnić prawdę całemu światu.
W Barcelonie Hanna spotyka też Stephena, człowieka pracującego dla Marissy. Stephen wyjaśnia, że to, co jest teraz znane jako Utrax, wcześniej składało się z małej grupy rozłamowych komórek narodowych radykałów w ramach agencji zwanej The Pioneer Group. Mówi jej, że teraz pozostaje jednym z niewielu członków grupy, którzy nie podążyli złą ścieżką. I dlatego, podobnie jak Hanna, chce powstrzymać pierwszą operację Utraxa. Hanna wraz ze Stephenem i dwójką postanawiają powstrzymać zabójstwo Roberta i Nicoli. Bez ich wiedzy Jules ma oko na Hannę i obmyśla ich plan.
Z powodu Julesa plan Stephena, aby uratować Nicolę przed przechwyceniem, nie udaje się. Aby przerwać drugą stronę misji, Hanna udaje się do Barcelony, gdzie Clara i Sandy próbują przechwycić Roberta Geldera. Hanna kontaktuje się z Clarą i próbuje ją przekonać, że Utrax knuje nic dobrego. Ale Clara po prostu odrzuca ją, mówiąc, że nie powinni kwestionować organizacji i skupiać się na służbie swojemu narodowi. Dopiero gdy Hanna przekonuje ją, że jej matka wciąż żyje, zmienia się spojrzenie Clary na misję.
Poprzez córkę Roberta Kat, Sandy dedukuje położenie pokoju hotelowego, w którym przebywa Robert. Dzięki temu Clara i Sandy wyruszają, aby wykonać swoją ostatnią misję zabicia prawnika, zanim zdemaskuje Utraxa. Clara waha się, ale Sandy ukrywa swoje błędy, bezlitośnie zabijając Roberta. Mimo to przed śmiercią Robert kontaktuje się z dziennikarką o imieniu Alba, która odbiera dokument od jednego z pracowników hotelu. Ten dokument zawiera tajemnice firmy Utrax.
Po tym wszystkim, po całej akcji, Alba umiera, ale Hanna dostaje dokument w swoje ręce. Dokument ten w końcu ujawnia, że lista celów zamachów Utrax składa się z potencjalnie wpływowych prawników, aktywistów i innych ekspertów z różnych dziedzin, którzy później mogą zmienić świat. Większość osób wymienionych na tej liście docelowej ma mniej niż 18 lat, a wszyscy mają mniej niż 30 lat. I dlatego istnienie Utraxa przez cały ten czas było tajemnicą. Chcieli nieetycznie wyeliminować młodsze pokolenie liderów, ponieważ pozwoliłoby im to przejąć kontrolę nad światem. I, oczywiście, do takiej misji jak ta, nastoletnie dziewczęta poddane praniu mózgu przez całe życie są idealnymi kandydatkami.
Przez cały ten czas to z winy Johna Robert dowiedział się o misji. Jak ujawniono w retrospekcji, John kiedyś się upił i powiedział prawnikowi wszystko o tajnych motywach Utraxa. Ale zamiast zdemaskować Johna, Marissa przejmuje kontrolę i szantażuje go, by poprowadził ich do wyższych uprawnień The Pioneer Group, która dała mu rozkaz kierowania Utraxem. Zakończenie przygotowuje scenę na kolejny sezon, w którym Marrissa i Hanna wyeliminują teraz tych, którzy kierują złą Pioneer Group. Clara prawdopodobnie nie dołączy do nich, ponieważ jedzie do Egiptu, by wreszcie spotkać się z matką.