W miarę jak „Cytadela: Króliczka Honey” osiąga swój koniec, wyzwania Rahi i Honey stają się coraz większe, gdy starają się zostawić przeszłość za sobą, tak aby nie wróciła, by ich prześladować. Różne spiski, które ich otaczają, grożą dalszym wywróceniem ich życia do góry nogami i ujawnieniem nowych informacji o ich agencjach. Dla Rahi oznacza to konfrontację z prawdą, która kryje się za nimi jego mentorem i postać ojca, który dał mu drugą szansę na życie. Tymczasem dla Honey bezpieczeństwo życia jej córki jest najważniejsze, w miarę jak z głębin poprzednich misji wychodzą na jaw kolejne tajemnice. Para musi znaleźć sposób na pogodzenie swoich celów i zażegnanie różnic z przeszłości. Niestety okazuje się to trudne, gdy na ich tropie pojawiają się niebezpieczni wrogowie. SPOILERY PRZED.
Rok 1992. Drobna aktorka Honey ma trudności ze zdobyciem roli w filmie, co pozbawia ją jakiegokolwiek zabezpieczenia finansowego. Chcąc pomóc jej wyjść z tej okropnej sytuacji, jej przyjaciel i kolega z branży filmowej, Rahi Gambhir, znany również jako Bunny, oferuje jej możliwość pracy na pobocznym koncercie. Honey przyjmuje ofertę i zostaje wplątana w niebezpieczną misję szpiegowską, podczas której musi w przebraniu oczarować wpływowy cel. Niestety misja przybiera zły obrót i Bunny musi wkroczyć, aby uratować ją przed męką. Bunny i jego przyjaciele z agencji dostają w swoje ręce zaszyfrowany dysk, który Honey miała znaleźć. Jednak podczas próby ucieczki agencja traci jednego ze swoich agentów, Jagana.

Następnie Rahi przedstawia Honey swojemu mentorowi i szefowi agencji, Guru. Honey bardzo chce wziąć udział w operacji, a Bunny zgadza się ją szkolić. W ciągu nadchodzących tygodni i miesięcy robią szybkie postępy, ale Guru pozostaje wobec niej sceptyczny i ogranicza ją do roli „pułapki na miód”. Tymczasem narracja przenosi się do roku 2000, kiedy Honey mieszka w kurorcie ze swoją córką Nadią. Są blisko z właścicielem lokalnej kawiarni, Vivekiem, który pomaga Honey w życiu domowym. Jednak sprawy się komplikują, gdy grupa nieznanych napastników porywa Honey, podczas gdy jej córka ucieka. Nadia szuka schronienia u Viveka, ale ten zostaje zabity przez jednego z prześladowców. Młoda dziewczyna spotyka się później z matką, która jakimś cudem ucieka porywaczom.
W miarę rozwoju historii dwie równoległe historie, których akcja toczy się w latach 1992 i 2000, zaczynają się zbiegać, w miarę jak ustanawianych jest coraz więcej połączeń. Okazuje się, że Nadia jest córką Honey i Rahi. Obaj zbliżyli się do siebie, gdy on szkolił Honey na całe życie jako agenta w organizacji Guru. Jednak w pewnym momencie misji w Belgradzie Honey sfingowała jej śmierć i wmówiła mu, że ona i jej nienarodzone dziecko nie żyją. Misja miała kluczowe znaczenie i miała miejsce w Belgradzie w Serbii, gdzie Honey zbliżyła się do mężczyzny o imieniu dr Raghu Rao, który zbudował specjalne urządzenie monitorujące znane jako Armada. Mając do dyspozycji zarówno Guru, jak i wroga szukającego Armady, Honey zostaje wplątana w linię ognia, podczas której musi decydować, co jest dobre, a co złe i której stronie może zaufać.

Pod koniec pierwszego sezonu Honey i Bunny dokonują oszałamiającego odkrycia, że Guru korzysta z pomocy kreta w Cytadeli. W rzeczywistości odkrycie okazuje się jeszcze bardziej szokujące, gdy okazuje się, że osobą jest nikt inny jak Zooni, dyrektor naczelny organizacji. Kierowała misjami prowadzonymi przez agenta Shaana i jego współpracowników, ale współpracowała z Guru. Zatem zarówno Cytadela, jak i agencje Guru nieumyślnie pracowały nad tym samym celem dla tej samej osoby, Guru. W rzeczywistości rola Zooni jako kreta okazuje się kluczowa w narracji, ponieważ bez jej pomocy Guru nigdy nie uciekłby ze swojej celi po tym, jak został schwytany podczas misji w Belgradzie.
Retrospekcje pozwalają poznać znacznie więcej kontekstu powodów ucieczki Zooniego z Cytadeli. Jak się okazuje, początkowo była przeciwna wszystkiemu, co reprezentował Guru, gdyż to on był pozornie odpowiedzialny za śmierć jej męża Rinzy’ego. Rinzy i Guru byli bliskimi współpracownikami w czasach, gdy pracowali w Citadel. Jednak z powodu nieporozumienia i błędu podczas misji Guru wziął na siebie winę za śmierć Rinzy'ego, mimo że obaj marzyli, aby pewnego dnia opuścić Cytadelę i założyć własną organizację. Po odejściu Rinzy'ego Guru kontynuował swój plan. Kiedy udało mu się przekonać Zooniego o swoim celu, zdecydowała się z nim współpracować. Pod koniec Honey pomaga Cytadeli wykorzenić jej obecność w organizacji.

Bez wątpienia w centrum uwagi znajduje się urządzenie Armada. Dr Raghu Rao opracował tę technologię z pomocą swoich kolegów-naukowców, którzy pracowali nad nią dla dobra ludzkości. Misją nadzorowała Cytadela, która miała żywotny interes w Projekcie. Stale monitorowali Rao na wypadek, gdyby kiedykolwiek wpadł w kłopoty lub został skompromitowany. Ostatecznie potrzebowali Rao, aby ukończyć Projekt i przekazać im dysk, aby zachować kontrolę nad wszystkimi i zapoczątkować nowy typ społeczeństwa. Miało to dać Cytadeli możliwość monitorowania i śledzenia każdej osoby na planecie. Ich zadanie stało się trudne, gdy Guru i agenci jego agencji zaangażowali się w zdobycie Armady przed Cytadelą. Jednak wiele lat później, w 2000 roku, ten pierwszy zniszczył urządzenie.
Jak przedstawiono w narracji, urządzenie Armada wpadło w ręce agentów Guru pod koniec misji w Belgradzie. Chociaż wszystko wydawało się iść zgodnie z planem, nastąpiła niewielka przeszkoda, gdy Cytadela zbliżyła się do ich lokalizacji, gdy rozpoczęli ucieczkę ze stolicy Serbii. W rzeczywistości Honey poinformowała Cytadelę o lokalizacji Armady i zdradziła plany Guru wrogowi. Poczuła się coraz bardziej rozczarowana sposobem działania Guru i myślała, że stoi po niewłaściwej stronie. Mimo to, nawet jeśli uciekła, zabrała ze sobą urządzenie Armada i zniknęła po sfingowaniu swojej śmierci. Wiele lat później miała go w swoim posiadaniu, co uczyniło ją i jej córkę celem Guru i Cytadeli. Aby rozwiązać problem, Bunny zabiera urządzenie do Guru i niszczy je na jego oczach.

Jeden z najbardziej niejednoznacznych i przerażających elementów zakończenia pierwszego sezonu dotyczy losów rodziny Chacko. Po pracy w agencji Guru Chacko ożenił się i założył rodzinę ze swoją nową żoną, która nie miała pojęcia o jego poprzednim życiu. Otworzył zakładkę do nowego rozdziału w jego życiu, po przeszłych doświadczeniach w branży szpiegowskiej. Co więcej, biorąc pod uwagę jego sierotę, życie rodzinne pozwoliło mu wejść w fazę, w której mógł wreszcie odzyskać to, co utracił jako dziecko. Jednakże narażało go to również na niebezpieczeństwo, ponieważ wrogowie mogli wykorzystać przeciwko niemu jego żonę i dziecko. Niestety tak to się kończy. Chcąc zyskać przewagę, Kedar pojawia się w domu Chacka, gdzie jego żona i dziecko są bezbronni wobec agenta. Co przerażające, kiedy Chacko wraca do domu, zastaje go pustym.
Losy rodziny Chacko wydają się tajemnicze i zagadkowe, gdyż nie ma jednoznacznych odpowiedzi. Istnieją jednak dwie możliwości – pierwsza jest taka, że jego żona i dziecko były torturowane i zabijane w celu uzyskania informacji o miejscu jego pobytu, a druga jest taka, że Kedar je uprowadził. Obydwa czyny są niesamowicie ohydne, ale z dwóch możliwości, ich śmierć jest okrutnszym ciosem. Wydaje się mało prawdopodobne, aby tak się stało, bo gdy Chacko wejdzie do domu, na pewno wpadnie w szał, gdy zobaczy zwłoki swojej rodziny. Ponadto, ponieważ ich ciała w ogóle nie są pokazywane, szanse na śmierć są niewielkie, ponieważ pozostawia bardzo mało dowodów, że jest inaczej. Dlatego najbardziej prawdopodobny wynik jest taki, że jego rodzina została porwana, a Chacko być może będzie musiał znaleźć sposób, aby w przyszłości odzyskać ich z powrotem.

Chociaż Guru w całej narracji priorytetem jest upolowanie Honey i jej córki, zakończenie pierwszego sezonu zapewnia wyjątkowe rozwiązanie. Konflikt zostaje zakończony nie dzięki wysiłkom Honey, ale dzięki Rahi. Po latach służby pod jego okiem Rahi ma niezwykle złożoną, ale głęboką więź z Guru, którego postrzega jako fałszywą postać ojca. Od początku łączyła ich bardzo intymna więź, głównie ze względu na to, jak Guru pomógł Rahiemu znaleźć cel w jego życiu, gdy ten został osierocony w bardzo młodym wieku. Oczywiście po tym incydencie Guru użył Rahi do swoich celów i planów, czasami nawet stosując psychologiczne sztuczki, aby utrzymać go w ryzach. Mimo to Rahi ma na tyle szacunku dla tego mężczyzny, że pojawił się i stanął z nim twarzą w twarz w sprawie jego zemsty i sprawił, że z niej zrezygnował.
Strategia, której używa Rahi, opiera się na uczciwości i odwoływaniu się do najlepszej natury Guru. Prawda jest taka, że Guru był zbyt pochłonięty swoim programem lepszego świata i walką z Cytadelą. Jednak dla Rahiego najlepszą cechą jego mentora było to, jak opiekował się sierotami i sprawiał, że czuły się całe. Rahi wierzy, że w pewnym stopniu Guru troszczy się o wszystkie dzieci, które zrekrutował jako swoje własne potomstwo, ale w szczególności czuł, że Guru ma do niego słabość. Ponieważ Rahi był jednym z jego najlepszych agentów, Guru poczuł poczucie straty po tym, jak Rahi go opuścił. Później sprawy zaostrzyły się jeszcze bardziej, gdy zaczął ścigać córkę Rahi i jego kochankę, Honey. Niszcząc dysk przed sobą, Rahi w jakiś sposób udaje się zmusić Guru do zobaczenia uzasadnienia swoich działań i poddania się, co też robi.

Pomimo ostatecznego zakończenia sporów z Guru, Rahi i Honey odkrywają, że zagrożenie dla ich życia i życia ich córki nadal istnieje. Problem wynika z Kedara, który postanawia sprzeciwić się woli Guru i ściga Rahi i Honey, aby położyć kres ich życiu. Wierzy, że Guru okazuje słabość, oszczędzając Rahi i jego kochankę. Dlatego, aby właściwie zamknąć rozdział bez luźnych końcówek, Kedar bierze sprawy w swoje ręce i wyrusza na zagładę swoich zaprzysiężonych wrogów. Niestety, powoduje to wiele problemów dla Rahi i Honey, ponieważ muszą przygotować się i walczyć z siłami Kedara w pałacowym domu przodków Honey. Początkowo udaje im się uciec, ale napotykają kolejne kłopoty na drogach. Po przekonaniu Honey do ucieczki z Nadią, Rahi walczy z Kedarem jeden na jednego, aby w końcu zakończyć sprawę.
Końcowa sekwencja to po prostu dwójka sierot walczących ze sobą z powodu niezrozumienia poleceń Guru. Walka okazuje się zacięta, ponieważ obaj są prawie jednakowo dopasowani. Kończy się zarówno oddaniem strzału, jak i zranieniem się nawzajem. Ten niechlujny romans sprawia, że oboje opierają się o rozbite samochody, gdzie w końcu mogą szczerze porozmawiać o metodach Guru i o tym, jak manipulował nimi obydwoma, aby czasami mu służyli. Kedar dowiaduje się prawdy o drogach Guru z ust Rahi, ale wydaje się, że nie robi to na nim większego wrażenia. Jednak przez większość historii zawsze był zazdrosny o Rahi, ponieważ Guru reklamował go jako lepszego agenta. Jednak w końcu Kedar zmienia zdanie i decyduje się wypuścić Rahi, mówiąc mu, żeby uciekł, póki ma jeszcze czas. Najwyraźniej zaraz potem umiera.

Sezon 1 kończy się na klifie, gdy kontuzjowany Rahi przygotowuje się do rozprawienia się z grupą agentów, którzy mają zalać ulice na pozycję Kedara. Tymczasem Honey i jej córka Nadia czekają w dokach na powrót Rahi, aby rodzina mogła uciec jako jedna osoba. Przetrwanie Rahi jest trudnym scenariuszem, biorąc pod uwagę wielkość sił, które mają wkrótce zejść na jego lokalizację. Jednak może to być jego ostatni odważny czyn, który zagwarantuje przyszłość kochankowi i córce. Choć mogłoby się to wydawać honorowe, jest mało prawdopodobne, aby tak było, ponieważ Rahi ma jeszcze czas, aby dotrzeć do portu i swojej rodziny. Może i jest ciężko kontuzjowany, ale wciąż może uciec z trudnej sytuacji. Nawet jeśli nie uda mu się spotkać z nimi na czas, przetrwanie jest nadal możliwe i prawdopodobnie znajdzie na to sposób.